Коренная пустынь основана в 1597 г. на месте явления Курской Коренной иконы Божией Матери «Знамение». Первое название пустыни – Чёрная Коренная, что означало глухое и запущенное место. В 1611 г. пустынь была разорена, деревянные постройки сгорели в пожарах при нашествии Крымских татар. Каменный храм, построенный на месте деревянного, простоял до 1852 г., когда был заложен новый храм во имя Рождества Пресвятой Богородицы. После Октябрьской революции началось стремительное разрушение обители, ценности были изъяты, а в 1924 г. монастырь закрыли. В 1989 г. Коренную пустынь вернули Русской Православной Церкви.