Музей В.О. Ключевского был открыт к 150-летию со дня рождения великого русского учёного Василия Осиповича Ключевского (1841-1911) в двух небольших деревянных домиках по ул. Ключевского, бывшей Поповке. В музейный комплекс были включены мемориальный дом, в котором В.О. Ключевский жил с 1851 по 1861 годы, и дом соседей Шевиревых, находившийся в непосредственной близости от первого.
Первая экспозиция музея была создана авторской группой московских художников (автор проекта художественного решения Яков Башев). Учитывая особенности мемориального комплекса, тогда при создании музея главное внимание уделили биографии пензенского периода, используя ту информацию, которая изначально была заложена в памятнике – мемориальном доме, который бережно сберегли – полностью сохранили планировку дома, его внешний облик, практически ничего не изменили в конструкциях. В 2012 году проведены реконструкторские работы. Музей теперь оборудован пандусами для удобства посещения его людьми с ограниченными возможностями.
В 2013 году частично восстановлена экспозиция музея, созданная ранее. Как и прежде, в мемориальном доме воссоздана культурная среда, которая с раннего детства окружала будущего историка, способствовала формированию его мировоззрения. Воссозданная экспозиция музея исторически точно изображает быт семьи Ключевских после гибели отца и переезда в Пензу.