Уфимский тюремный замок был построен в 1826 году, но к 1840 году «по причине непрочной постройки» пришел в негодность. В 1860 году тюрьма была переведена в двухэтажное здание бывшей арестанской роты. В 1866 году было принято решение «о приспособлении здания арестанской роты под тюремное помещение с предполагаемыми новыми постройками и покупкою прилегающих к месту, занимаемому зданием роты, частных земельных участков».
В 1886 году были утверждены «Правила о порядке содержания арестантов в губернских и уездных тюремных замках и пересыльных тюрьмах». В правилах устанавливалось, что губернаторы, градоначальники осуществляют функции по наблюдению за деятельностью смотрителей через полицмейстеров и уездных смотрителей.
В 1888 году здание Уфимской тюрьмы на 327 человек было достроено.
Тюремные корпуса затем многократно расширялись и перестраивались. Первоначально тюрьма подчинялась МВД, с 1895 г. перешла в ведомость Министерства юстиции, в 1922 г. – Наркомата внутренних дел, в настоящее время находится в ведении Главного управления исполнения наказаний Министерства юстиции России.
В здании Уфимской губернской тюрьмы в 1907 г. был казнен первый председатель Уфимского Совета рабочих депутатов Иван Степанович Якутов.
Петропавловская «шатровая» церковь при старом Уфимском тюремном замке была открыта в 1825 г., позднее перенесена во вновь построенное здание тюрьмы.