Село Гоньба было основано в 1726 году в северо-западной части Барнаула, на левом берегу Оби, в месте, наиболее подходящем для организации переправы через реку.
Изначально населённый пункт носил название деревня Гоньбина, а в 1782 году был переименован в село Гоньба.
Свое название село получило от слов «гнать» и «гон», поскольку через него проходили этапы с ссыльными, направлявшимися в Сибирь.