В конце 18 - начале 19 века проспект назывался Богородицкий переулок. Название ему дала Борогодице-Одигитриевская церковь в самом начале проспекта. В 1935 году православный храм был разрушен.
В 19 веке проспект именовался Московской улицей или Московским переулком. С 1900 года он уже официально назывался Московским проспектом. В его северном окончании начинался путь на Московско-Сибирский тракт, который проходил через Томск, Иркутск и Кяхту.
После 1917 года Московский проспект называли улицами Бульварная и Садовая, Советский переулок. В 1924 году проспект Ленина обрел современное название.