Монастырь основан в 1688 году на средства Астраханского митрополита Савватия вне Белого города, на Ивановской улице, за рекой Кутум.
В 1723 году был упразднен и обращен в лазарет; в 1727 году восстановлен. С 1764 года — заштатный, необщежительный монастырь. Храм один, каменный, во имя Иоанна Предтечи (построен в 1697 году). В храме находилась особо чтимая икона Иоанна Предтечи.
С 1884 года существовала церковно-приходская школа. В начале XX века в монастыре были игумен, 8 монахов, 5 послушников.
В 1919 году монастырь был закрыт. Постройки были заняты под жилье и хозяйственные нужды. В 1940 году колокольня и надвратный храм во имя Иоанна Воина были разобраны.
С 1992 года началось восстановление обители, и в 1995 году монастырь был окончательно передан Церкви. Освящен храм во имя Усекновения Честной главы святого пророка Иоанна Предтечи с приделами в честь Иверской иконы Божией Матери и святого Тихона Задонского. Восстановлены роспись, иконостас центрального придела, полы.
Святыни: особочтимые иконы — Иверская икона Божией Матери, святого Тихона, Патриарха Московского и всея Руси и преподобного Максима Грека с частицами мощей.