Основная экспозиция музея называется «Тысячелетие северного мореплавания». Она знакомит с важными моментами истории судостроения и мореплавания на Русском Севере.
В музее представлены, например, фрегат «Святой Илья» (модель 1:100), линкор «Азов» (модель 1:50), ледокол «Мудьюг». Также во дворе музея можно увидеть американскую и английскую технику, потопленную немцами при атаке конвоев и поднятую со дна Белого моря.