Собор находится в центре исторической части современного Минусинска. Это первый каменный храм в городе, его возводили в 1803–1814 годах на месте деревянной церкви.
Первоначально cилуэт церкви напоминал корабль, а вся её композиция подчинялась идее устремлённости вверх. В 1853 году на средства купца Масленникова с левой стороны пристроили придел. В начале 1900-х гг. известный красноярский архитектор А. А. Фольбаум (по другим источникам — В. А. Соколовский) перестроил собор. В результате храм стал вместительнее почти в три раза.
В начале 1930-х служба в Спасском соборе прекратилась и возобновилась только в 1943 году. Сейчас Спасский собор — главный храм Минусинского благочиния.