Открытие здания вокзала в марте 1964 года было связано со строительством железнодорожной ветки Абакан-Тайшет. В 2019 году в Абакане состоялось открытие нового вокзального комплекса, построенного в рамках подготовки к XXIX Всемирной зимней универсиаде, проходившей в Красноярске. Новый павильон образует единый вокзальный комплекс вместе с существовавшим ранее зданием, имеет площадь 1,4 тыс. квадратных метров и включает в себя просторный зал ожидания, справочное бюро и медицинский пункт.
Комплекс оснащен современными системами безопасности, включая металлодетекторы и рентгеновские установки, а также более 60 цифровых видеокамер. Вокзал полностью адаптирован для маломобильных пассажиров, что делает его доступным для всех категорий граждан.