Шушенский Петропавловский приход открыт в 18 веке. Каменная церковь во имя Петра и Павла с приделом в честь Святого Николая Мирликийского построена тщанием прихожан в 1791 году. В 1938 году храм был разрушен, на его месте построено здание Дома культуры. В настоящее время на средства прихожан завершено строительство кирпичного однопрестольного храма, который строился с 2011 года.
12 июля 2019 года великое освящение Петропавловского храма совершил Преосвященный Никанор, епископ Минусинский и Курагинский.