Во второй половине XVII века при возведении каменной ограды был построен парадный въезд в монастырь - Святые ворота. Со стороны Волги к проезду примыкали две круглые башни. При игумене Гордиане на средства ярославских купцов Семена и Ивана Матвеевых-Сверчковых в 1672 году строительство ворот с надорванным храмом было завершено. В 1684 году на пожертвования Н. Я. Львова была сделана южная пристройка к воротам. В 1691 году, когда артель художника расписывала Введенский собор, украсили живописью и стены ворот. На втором этаже над сводчатым проездом ворот располагалась квадратная в плане одноглавая Никольская церковь, состоявшая из основного помещения, трапезной и алтаря. В XVIII веке переделали окна храма, изменили облик фасадов. В 1815 году первоначальное шатровое завершение заменили на шестигранное со шпилем. В церкви был позолоченный пятиярусный иконостас. Во время пребывания в монастыре архиереев, храм был домашним при архиерейских кельях.