1 декабря 1812 г. открылась первая губернская аптека. Со временем вокруг здания возник целый аптекарский городок: был построен флигель лаборатории, во дворе для выращивания лекарственных трав разбили огород и оборудовали подвал-ледник для хранения снадобий.
В сентябре 1842 г. здание пострадало от сильного пожара, который уничтожил всю центральную часть города. В 1872 г. был сделан капитальный ремонт, и здание приобрело современный П-образный корпус.
20 августа 1918 г. аптека была муниципализирована. В 1920-ых годах называлась "Пролетарская", а до 1968 г. имела название «Аптека №1».
В декабре 2017 г. во время ремонта крыши рабочие обнаружили клад: старинные документы, фирменные флаконы, различные этикетки и ярлыки. Благодаря обнаруженным находкам, было решено открыть на втором этаже аптеки музей «Аптекарский двор». На данный момент дата открытия музея неизвестна. Сейчас найденные экспонаты хранятся в специальном помещении офиса «Пермфармация» и пока что закрыты для широкой публики.