Здание, как и следует из его названия, предназначалось для проживания коменданта крепости и его семьи, здесь же размещалась канцелярия. Также в Комендантском доме неоднократно проводились следствия по политическим делам. В настоящее время в Комендантском доме проходят выставки, включая и территорию внутреннего двора здания, над которым в 2003 году была установлена крыша.