Город основан в 2012 году. Статус города присвоен в 2015 году. Иннополис является одним из трёх наукоградов в Российской Федерации (наряду с подмосковным центром Сколково и новосибирским Кольцово), созданных для развития информационных технологий и инновационных высоких технологий.