Железная дорога пришла в Ногинск (тогдашний Богородск) в 1885 году вместе со строительством линии от Москвы до Нижнего Новгорода. Изначально путь предполагалось проложить через Богородск, на тот момент крупный центр текстильной промышленности, но в итоге он прошел от Обираловки (сегодня Железнодорожный) до Павлово (Павловский Посад). А нынешнему Ногинску досталась тупиковая ветка Богородск — Степаново (сейчас Фрязево). В то время поезда от Богородска до Москвы ходили три раза в сутки и столько же обратно. В 1930 году станция одновременно с городом получила название «Ногинск».
Первый железнодорожный вокзал, построенный на деньги города в 1894 году, был деревянным. С тех пор здание неоднократно реконструировалось, оставаясь при этом прежним, историческим. Однако в 2007 году вокзал пережил коренные преобразования: деревянные стены заменили на кирпичные, фундамент здания укрепили, установили новые чердачные перекрытия, окна и двери. Тогда же здание оборудовали турникетами.