Строительство трёхэтажного кирпичного дома на Набережной реки Ушайки началось ещё
в 1902 г., в честь 50-летия со дня смерти великого русского писателя Николая
Васильевича Гоголя. Именно благодаря этой дате здание и получило своё имя —
городской Гоголевский дом Общества Воскресных школ.
Автором проекта выступал архитектор Пётр Федоровский, который в тот период отвечал
за строительство многих муниципальных зданий в Томске. Однако в 1903 г. он уволился
со службы и занялся частной практикой. Летом того же года томский полицмейстер Пётр
Аршаулов доложил губернатору о нарушении строительства — здание строили без
архитектора. В 1904 г. строительство было завершено.
В 1905 г. в Гоголевском доме заработало сразу несколько учебных заведений.
Общеобразовательные вечерние курсы делили здание вместе с Заисточным мужским
городским училищем и Подгорным женским городским училищем. Также в здании
располагалась профессиональная школа "мастериц и белошвеек", чьей попечительницей
выступала супруга известного томского мецената Петра Макушина — Елена Макушина.
После революции Гоголевский дом превратился в «Рабочий дворец», в котором
находились Совет профсоюзов, Томский губернский комиссариат труда, профсоюз
учителей, библиотека и многие другие организации.
В 1921 г. здесь открылась школа ФИЗО, где были собраны сильнейшие спортсмены
Сибири. Подобных школ на всю страну было немного. В 30-е годы ФИЗО перевели в
центр страны, а в Гоголевском доме по решению Наркомпроса Томска была учреждена
образцовая школа №6, которая находилась там до начала Великой отечественной войны.
В годы войны помещение школы, как и многие здания в городе, было передано под
эвакуированные предприятия. Расположившийся в нем, завод им. Дзержинского
Народного комиссариата из Харьковской области, производил детали для М-8, бинокли и
прочее. В 1944 г. завод был реэвакуирован в Загорск, а Гоголевский дом опустел.
После войны здесь была вновь открыта школа, которая проработала до 1980 г., а после
переехала в Академгородок. Последним учебным заведением в Гоголевском доме стал
Гуманитарный лицей, проработавший в здании до начала 2000-х годов.
В 2000-х в Гоголевском доме стартовал капитальный ремонт, который, тем не менее, не
был доведен до конца. Десятилетие дом пустовал, пока в 2013-2018 годах ремонт все же
завершили, после чего на площадях здания разместился Арбитражный суд Томской
области.
В 2013 г. здание было включено в перечень объектов культурного наследия регионального
значения.